Στην αρχική του μορφή ήταν Ναός μονόκλιτος, ξυλόστεγος και με ελαφρά προεξέχον εγκάρσιο κλίτος έμπροσθεν του Πρεσβυτερίου. Το τελευταίο ήταν ορθογώνιο, καλυπτόμενο από δύο χαμηλά σταυροθόλια και πλαισιωμένο από δύο συμφυή τετράγωνα παρεκκλήσια (παστοφόρια). Η ανατολική του πλευρά διαμορφώθηκε όχι ως ημικυκλική κόγχη του ιερού, αλλά ως τετράγωνη και κοσμημένη σε όλο της το πλάτος με ένα μεγάλο τρίλοβο άνοιγμα.
Μέχρι το 15ο αι. σταδιακά προστέθηκαν τέσσερα παρεκκλήσια στη σειρά στη νότια πλευρά του ναού. Στο ένα από αυτά διατηρούνται μέχρι σήμερα τοιχογραφίες που ανήκουν στο 15ο αι., μοναδικές στην πόλη του Ηρακλείου. Και στα τέσσερα αυτά παρεκκλήσια βρέθηκαν ταφές η μια από τις οποίες σε τάφο με μαρμαρόγλυφη διακόσμηση. Το 14ο αι. προστέθηκε και το ΝΑ παρεκκλήσιο που λόγω της μεγάλης του διάστασης έχει εξωτερική είσοδο προς τη νότια πλευρά του αρχικού παρεκκλησίου.
Αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία της κατηγορίας του, με ευρύτερο ευρωπαϊκό ενδιαφέρον και για την πορεία της αρχιτεκτονικής του 13ου αιώνα και την παρουσία της τόσο στην Ευρώπη όσο και στην Ελλάδα.
Χαρακτηριστικό επίσης είναι ότι ειδικά ως προς τη διώροφη διάταξη των αρχικών παρεκκλησίων του Ιερού, αυτή δεν έχει εντοπιστεί σε άλλο μνημείο της κατηγορίας του. Ήδη στην Κρήτη ο Ναός του Αγίου Πέτρου έχει αποτελέσει πρότυπο για τον Ιερό Ναό του Αγίου Νικολάου Χανίων κατά το γύρισμα του 13ου προς το 14ο αιώνα.
Οι επιμέρους πολλαπλές ιδιομορφίες του μνημείου, που εντοπίστηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης, φανερώνουν συγγένειες με απολύτως σύγχρονά κτίσματα της ίδιας αρχιτεκτονικής μορφής στη Γαλλία και στην Ιταλία του 13ου αιώνα στο Silvanes, το Venzone και το Rieti.
Το κτίριο υπέστη εκτεταμένες καταστροφές από σεισμούς που έγιναν από τον 14ο μέχρι τον 18ο αιώνα. Η τολμηρή αρχιτεκτονική του μνημείου με τις μεγάλες διαστάσεις ως προς το μήκος (54μ.), το πλάτος (15μ.) και το ύψος (12μ.) του κεντρικού του κλίτους, σε συνδυασμό με την απουσία αντηρίδων κατά μήκος του βορείου και του νοτίου τοίχου του, φαίνεται ότι συντέλεσαν στην εν μέρει κατάρρευσή του τρεις φορές από σεισμούς, κατά τις αρχές του 14ου αιώνος, στις αρχές του 16ου και κατά το 18ο. Κατά το σεισμό του 18ου αιώνα καταστράφηκαν: 1) η στέγη, 2) το μεγαλύτερο μέρος του βορείου τοίχου, 3) το ΒΑ παρεκκλήσιο του 14ου αιώνα, 4)το ΝΔ παρεκκλήσιο του 15ου αιώνα, 5) το ανατολικό σταυροθόλιο με τμήμα του τριλόβου παραθύρου, 6) η ΒΔ εξωτερική παραστάδα και 7) το άνω μέρος του δυτικού τοίχου του Ναού.
Σε όλη τη διάρκεια της Ενετοκρατίας, τόσο στο εσωτερικό δάπεδο του Ναού όσο και εξωτερικά, περιμετρικά των τοίχων του, γίνονταν ταφές επιφανών πολιτικών και πνευματικών ηγετών της Κάντια. Στο Β΄ τόμο του μνημειώδους έργου του Monumenti Veneti nell isola di Creta, o Τζ. Τζερόλα αναφέρει ότι εκεί έχουν ταφεί οι Δούκες της Κρήτης Μάρκος Γραντόνικος (1331), Ιωάννης Μοροζίνης (1338), Μαρίνος Grimani (1348) και Φίλιππος Ντόριο (1357).
Με την έλευση της Οθωμανικής κυριαρχίας ο Άγιος Πέτρος μετατράπηκε αμέσως σε μουσουλμανικό τέμενος στη μνήμη του Σουλτάνου Ιμπραχήμ και του προστέθηκε εξωτερικά στη ΝΔ γωνία μιναρές.
Άλλα στοιχεία, της οθωμανικής περιόδου, που αποκαλύφθηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης είναι το μιχράμπ του τεμένους, τα βοτσαλωτά δάπεδα του περιβάλλοντα χώρου καθώς και ένας κεραμεικός κλίβανος.
Γύρω από τη Μονή με το επιβλητικό Καθολικό και τα προσκτίσματά της, στον περιβάλλοντα χώρο του ναού (Καστέλλα), έχουν αποκαλυφθεί σημαντικά λείψανα αρχαιότερων ιστορικών φάσεων της πόλης που ανήκουν στις περιόδους της Αραβικής κατάκτησης, της Β΄ Βυζαντινής και της πρώιμης Ενετικής κυριαρχίας.
Πριν την αποκάλυψη των αρχαιοτήτων στο χώρο της Καστέλλας, υπήρχε σταφιδεργοστάσιο και στη συνέχεια κέντρο διασκέδασης με την επωνυμία «Καστέλλα» απ όπου προέρχεται και η σημερινή επωνυμία του χώρου.
Ως ανταλλάξιμη περιουσία αγοράσθηκε από την Ενορία του Αγίου Δημητρίου Λιμένος για να λειτουργήσει ως Ναός. Τελικά αποφασίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού να επιτραπεί μόνο η επετειακή λειτουργία του περιστασιακά και να παραμείνει ως επισκέψιμο μνημείο. Τις τελευταίες δεκαετίες τόσο το Καθολικό, όσο και τα προσκτίσματα της Μονής αναστηλώνονται, ενώ ο περιβάλλων χώρος απαλλοτριώθηκε και διαμορφώνεται ως οργανωμένος αρχαιολογικός χώρος συνδεμένος με την Ενετική Μονή.
Αξιώτη Ευγενία
Ζαχαριουδάκη Ερμιόνη - Ραφαέλα
